Actualización 10 | 2020.06.17

Iniciativa de Vigilancia Genómica de SARS-CoV-2 en Yale

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Lo nuevo

Esta semana hemos añadido 38 genomas nuevos que fueron obtenidos a principios de Abril en Connecticut (CT). 35 de los nuevos genomas están agrupados dentro del clado-NY, cerca de otros genomas de CT, lo que indica que ocurre el mismo patrón que hemos estado observando desde mitad de Marzo: la transmisión local ligada a Nueva York. Este patrón se puede observar en la figura 1. Los genomas de nuestro análisis pertenecen a la transmisión de antes del pico en CT, que ocurrió a finales de Abril. Después del pico de transmisión, el número de casos diarios reportados ha disminuido consistentemente

⚠️ Advertencia: Estos resultados deben ser considerados como preliminares, y pueden cambiar con nueva información. 

Recapitulación

Previamente hemos mostrado que los brotes en CT fueron posiblemente iniciados por introducciones domésticas de la Costa Oeste y Nueva York (NY). También mostramos que la mayoría de las secuencias virales obtenidas de casos de COVID-19 al sureste de CT hasta finales de abril, están más cercanamente relacionadas a otras secuencias de CT y NY que de secuencias introducidas de fuentes internacionales o domésticas. Esto es respaldado por los registros de viaje y de casos positivos

Los genomas obtenidos en CT pueden ser separados en dos grupos diferentes, llamados clados, basados en su historia ancestral. Dentro de los clados, grupos de virus cercanos forman linajes. Los clados y los linajes son mostrados por filogenia interactiva en nuestro sitio nextstrain

Los virus que circularon primero en la Costa Oeste son parte del linaje “A” (encontrados en el grupo llamado Clado-WA, debido a que el primer miembro de este grupo fue obtenido del estado de Washington). Estos genomas fueron proporcionados de los primeros casos identificados en CT. Los genomas colectados en Marzo y a principios de Abril se encuentran en el linaje “B.1” del clado (NY) (llamado así debido a que el primer miembro se obtuvo del estado de NY). A medida de que obtenemos más secuencias, estamos encontrando que más y más genomas pertenecen al linaje “B.1”. Dentro de las 171 secuencias que muestreamos dentro de este linaje, después de realizar cuidadosos análisis computacionales, pareciera que existe una cantidad de introducciones separadas seguidas por agrupaciones de transmisión local a finales de Marzo y principios de Abril.

Linajes de SARS-CoV-2 en CT

LinajeSub-linajeIntroducido de CT aFecha de obtenciónNúmero de secuencias
AA.1Inicialmente introducido al oeste de U.S./Canadá al menos dos veces, ahora existente en CTMarzo 8 a Abril 923 (1 nuevo)
NingunoEste de Asia/Oceanía al Noreste de U.S.Marzo 13 a Abril 66 (2 nuevos)
BB.1 (predominantemente  B.1.3 y B.1.1)Nueva YorkMarzo 11 a Abril 17171 (35 nuevos)
B.2Sureste de Asia al Noreste de U.S. Marzo 6 a Abril 103

Nuevos genomas en CT

Añadimos 38 nuevas secuencias de CT a nuestro análisis y encontramos que 35 de ellas están cercanamente relacionadas a otras secuencias de NY y CT; como se puede observar en la figura 2. El agrupamiento continuo de las secuencias también denota que persiste la transmisión local en CT. Esto es respaldado por el incremento de proporciones de nuevos genomas de CT agrupados con otras secuencias de CT, y no con secuencias de otros estados. Estas 35 secuencias son parte del clado-NY, lo que indica que este clado se ha convertido en el predominante de CT. También sabemos que NY y otro lugares iniciaron los primeros brotes en CT, pero esta observación refuerza el rol central de NY en la continuidad de los brotes en CT. Los otros tres genomas nuevos están más cercanamente relacionados a las secuencias de Asia/Oceanía que circulan en el Noreste de U.S. Todas las 38 secuencias son de antes del pico de transmisión de SARS-CoV-2 en CT. Desde el pico, se ha observado una disminución de nuevos casos. 

Importancia en la Salud Pública

El análisis de los genomas obtenidos de CT principalmente de Marzo y Abril indican una cantidad significativa de transmisión local ocurriendo durante esos meses. Tal y como ha sido observado en actualizaciones anteriores, observamos que existen muchos nuevos genomas de SARS-CoV-2 en CT que rastrean a la diseminación interestatal con Nueva York. Sin embargo, al observar el avance de la epidemia y con la recolección de nueva información, hemos observado un incremento en la proporción de nuevas secuencias agrupadas con otros genomas de CT y no con genomas fuera del estado. Esto indica que la mayoría de las infecciones son posiblemente el resultado de transmisión local en Connecticut. 

Implicaciones políticas

En nuestros análisis previos hemos demostrado la importancia vital de la cooperación y coordinación intermunicipal e interestatal con relación a la realización de pruebas, rastreo de contactos y las intervenciones de distanciamiento social. Está claro que los virus se esparcen sin importar las fronteras municipales y estatales, lo que significa que las acciones a niveles estatales y municipales tienen un impacto con sus vecinos. Justo ahora, las medidas de distanciamiento se están relajando y es importante trabajar en conjunto sin importar las fronteras geográficas para limitar la diseminación viral.  

Con la disminución de nuevos casos de COVID-19 en CT, es crucial comprender la importancia de las medidas de salud pública y su implementación para ayudar a prevenir nuevos picos en la transmisión de SARS-CoV-2. 

Ahora, al estar secuenciando más genomas virales, estaremos buscando entender a qué nivel geográfico ocurre más la transmisión (por ejemplo entre ciudades, un solo estado, entre estados, o nuevas introducciones internacionales). Toda esta información puede acoplarse con los números de casos para determinar cómo las estrategias de distanciamiento social están funcionando, y cómo se pueden mejorar. 

Metodología

Analizamos 165 genomas que previamente secuenciamos, y añadimos 38 nuevos. Los 203 genomas totales fueron generados usando la plataforma de Nanopore MinION o la de Miseq Illumina. Para esto, empleamos la secuenciación por amplicón dirigido adaptada de la red ARTIC. Para realizar el análisis preliminar descargamos otros 515 genomas disponibles en GISAID, los cuales son de alrededor del planeta, esto con la finalidad de revelar los patrones de diseminación viral dentro y de la región noreste de U.S. en las semanas pasadas. El alineamiento de secuencias y el análisis filogenético fueron realizados por medio del protocolo de nextstrain. La información geográfica de cada secuencia fue agregada por código postal en áreas con más de 50,000 habitantes, mayoritariamente en condados de CT. 

Disponibilidad de los resultados

Los directorios consensus_genomes y la información cruda en nuestro repositorio GitHub contiene todos nuestros genomas de SARS-CoV-2 actuales y la información cruda. El directorio auspice contiene un archivo JSON que fue producido usando el protocolo de nextstrain. Una lista de todos los números de acceso de los genomas utilizados en este reporte puede ser descargada de nuestro sitio nextstrain.

Reconocimientos

Mary Petrone, Anne Wyllie, Chantal Vogels, Ed Courchiane, Sarah Prophet, Isabel Ott, y Chaney Kalinich realizaron las extracciones de RNA viral. Tara Alpert y Joseph Fauver prepararon las muestras para secuenciar y ensamblaron los genomas de SARS-CoV-2. Cole Jensen y Anderson Brito realizaron los análisis filogenéticos. Cole Jensen, Chaney Kalinich, Mary Petrone, Anderson Brito, y Nathan Grubaugh escribieron y revisaron este reporte. Chaney Kalinich y Peter Neugebauer desarrollaron y mantienen el sitio COVIDTrackerCT. Mario Peña-Hernández lidera las traducciones al español. Nathan Grubaugh lidera la Iniciativa de Vigilancia de Epidemiología Genómica de SARS-CoV-2 en Yale. Finalmente, también agradecemos a los autores de los genomas que fueron utilizados en nuestro análisis y por hacer sus resultados disponibles a otros investigadores. Una lista completa de los autores es proporcionada al final de nuestro sitio nextstrain.

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