Actualización 9 | 2020.06.10

Iniciativa de Vigilancia Genómica de SARS-CoV-2 de Yale

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Lo nuevo

Esta semana añadimos 37 nuevos genomas que fueron colectados a finales de marzo y principios de abril en Connecticut (CT) . También incluimos 47 nuevos genomas que fueron liberados de Massachusetts (MA), añadidos a los 19 genomas que ya estaban disponibles y con esto, aumentamos nuestra capacidad de analizar la diseminación viral en CT y MA. Estos nuevos genomas mejorarán nuestro entendimiento sobre el esparcimiento de SARS-CoV-2 en CT justo cuando se encontraban las medidas estrictas de distanciamiento social, también proveerán una percepción sobre la diseminación viral entre ambos estados. Nosotros encontramos que la mayoría de las secuencias de CT provienen del clado de NY. Por consiguiente, si las secuencias muestran una similitud alta a estos genomas sugerirá una cadena de transmisión local. También encontramos la primer evidencia de la transmisión entre CT y MA. 

⚠️ ADVERTENCIA: Estos resultados deben de considerarse como preliminares debido a que están sujetos a cambio con información nueva. 

Recapitulación

Nosotros habíamos mostrado previamente que los brotes de CT fueron posiblemente iniciados por introducciones domésticas de la Costa Oeste y Nueva York (NY). También mostramos que las secuencias genéticas colectadas de los casos de COVID-19 al sur de CT a finales de abril tuvieron más similitud a otras secuencias de CT y NY, y no a introducciones internacionales o domésticas. 

Los genomas colectados en CT pueden ser clasificados en dos grupos, llamados clados, los cuales están basados en su historia ancestral. Los clados están compuestos de grupos más pequeños de virus cercanamente relacionados basados en un ancestro común, y estos son linajes. Estos linajes y clados son catalogados en la filogenia interactiva de nuestra página nextstrain

Los primeros genomas que circularon en la Costa Oeste (nombrados como clado-WA, debido a que fueron primeramente detectados en el estado de Washington) son parte del linaje “A”. Estos genomas fueron colectados de  algunos de los primeros casos identificados en CT.  Los genomas colectados en marzo y a mediados de abril se encuentran en el linaje “B.1” del clado-NY (nombrado así debido a que el primer caso de este grupo fue detectado en el estado de Nueva York). Conforme vayamos colectado más muestras, estamos identificando más y más genomas del linaje “B.1”. Dentro de las 136 secuencias que hemos obtenido dentro de este linaje, pareciera que existe una cantidad de introducciones separadas seguidas por algunos grupos de transmisión a finales de marzo y principios de abril. 

 Linajes de SARS-CoV-2 en CT

LinajeSub-linajeIntroducido a CT deFecha de obtenciónNumber of sequences
AA.1Inicialmente introducido al oeste de U.S./Canadá al menos dos veces, ahora establecido en CTMazo 8 a Abril 922 (1 nuevo)
NingunoEste de Asia/Oceanía al noreste de U.S.Marzo 13 a Abril 64
BB.1 (más B.1.3 y B.1.1)Nueva YorkMarzo 11 a Abril 17136 (36 nuevos)
B.2Sureste de Asia al noreste de U.S.Marzo 6 a Abril 103

Massachusetts y  Connecticut.

Con esta actualización, podemos observar por primera vez el esparcimiento de SARS-CoV-2 entre CT y MA. Una razón por la que nosotros previamente no observamos este esparcimiento fue la pequeña cantidad de genomas previamente disponibles de SARS-CoV-2 provenientes de MA. Nosotros recolectamos nuevos genomas provenientes de MA que fueron publicados en NCBI’s Virus Variation y los incluimos en la presente actualización. Anteriormente, los genomas de MA se agruparon cercanamente y lejanamente con los genomas de CT. Ahora bien, nuevos genomas de MA, recolectados desde marzo hasta principios de abril pertenecen a los clados de WA y NY. Estos genomas están interespaciados junto con los genomas de CT en todo el árbol filogenético, lo que indica que existe transmisión viral entre CT y MA. Más información acerca de esta situación puede encontrarse aquí.

Nuevos genomas en CT

Ahora hemos añadido 37 nuevas secuencias virales de CT a nuestro análisis y encontramos que 36 de ellas están cercanamente relacionadas a otras secuencias obtenidas en NY y CT. Sabemos que NY y otros lugares importaron los primeros brotes en CT, pero al encontrar esto refuerza el rol central de Nueva York en la continuidad de los brotes en CT. El continuo agrupamiento de estas secuencias también resalta la persistente transmisión local que está ocurriendo en CT. Esto último es debido a que estamos observando un aumento en las proporciones de nuevos agrupamientos de CT entre ellos, en lugar de introducciones de otros estados.

Importancia en Salud Pública

Nosotros hemos mostrados en actualizaciones anteriores que los brotes en CT fueron principalmente iniciados por introducciones domésticas de la Costa Oeste y Nueva York, con frecuencias variadas de las dos fuentes entre marzo hasta mediados de abril. Los genomas obtenidos de CT en marzo y abril indican una cantidad fuerte de transmisión local durante este tiempo.

Implicaciones políticas

Nuestros primeros análisis demostraron la importancia vital de la cooperación intermunicipal e interestatal, así como la coordinación de tomas de muestras, rastreo de contactos, y las intervenciones de distanciamiento social. Está claro que los virus se diseminan a través de las fronteras municipales y estatales, lo que significa que reglas municipales y estatales tienen un rol entre sus vecinos. Por ello es importante, ahora que se están relajando las medidas de distanciamiento social, trabajar en conjunto sin importar las fronteras geográficas, y coordinar las intervenciones para limitar la diseminación viral. 

Conforme vayamos secuenciando más genomas, estaremos buscando entender a qué nivel geográfico ocurre el esparcimiento viral (por ejemplo entre ciudades, estatal, entre estados, nivel nacional o internacional). Esta información será agrupada con los números de casos para determinar cómo las estrategias de limitación del esparcimiento están trabajando y cómo se pueden mejorar. 

Metodología

Usamos 128 genomas que fueron previamente secuenciados y añadimos 37 genomas nuevos. Los 128 genomas previos fueron secuenciados usando la plataforma Nanopore MinION, y los 37 nuevos genomas fueron mediante Illumina MiSeq. 

Para estos nuevos genomas usamos un procedimiento de secuenciación mediada por amplicón siguiendo un protocolo modificado en ARTIC network. Para realizar el análisis preliminar descargamos otros 515 genomas disponibles en GISAID, los cuales son de alrededor del mundo y de U.S., para revelar patrones recientes de diseminación viral dentro y del noreste de U.S. en las semanas pasadas. Los alineamientos genéticos y el análisis filogenético fue realizado usando el procedimiento de nextstrain. La información geográfica de cada secuencia fue agregada por código postal con más de 50,000 habitantes, mayoritariamente de CT. 

Disponibilidad de nuestra información

Los directorios consensus_genomes y la información cruda en nuestro repositorio GitHub contienen todos nuestros actuales genomas de SARS-CoV-2, así como los datos crudos.  El directorio auspice contiene un archivo JSON que fue producido usando el procedimiento de nexstrain. Una lista de los números de acceso de los genomas de GISAID empleados en este reporte puede ser descargada del link al final de nuestro sitio de nextstrain.

Reconocimientos

Mary Petrone, Anne Wyllie, Chantal Vogels, Ed Courchiane, Sarah Prophet, Isabel Ott, y Chaney Kalinich realizaron las extracciones de RNA viral. Tara Alpert y Joseph Fauver prepararon las muestras para secuenciación y ensamblaron los genomas virales. Cole Jensen y Anderson Brito realizaron el análisis filogenético. Cole Jensen, Chaney Kalinich, Mary Petrone, Anderson Brito, y Nathan Grubaugh escribieron y revisaron este reporte. Chaney Kalinich y Peter Neugebauer desarrollaron y mantienen el sitio COVIDTrackerCT. Mario Peña-Hernández lidera las traducciones al español. Nathan Grubaugh lidera la Iniciativa de Vigilancia Genómica y Epidemiológica de SARS-CoV-2 de Yale. Finalmente, agradecemos a los autores de los genomas de nuestros datos complementarios por hacer sus análisis disponibles a otros investigadores: una lista completa de los autores es proporcionada al final de nuestra página nextstrain.

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